Eugen Ott gehörte zu den zahlreichen Beamten, die von der Kriminalpolizei zur Gestapo versetzt wurden. Ott war nach dem Ersten Weltkrieg in den Polizeidienst getreten. Nach einigen Jahren bei der Schutzpolizei in Heilbronn wechselte er 1925 zur Kripo des Stuttgarter Polizeipräsidiums. Von dort wurde er 1938 zur Gestapo versetzt.

Bemerkenswert ist, dass Ott der SS nicht beitrat. Zwar wurde die Mehrzahl seiner Kollegen Mitglied der Schutzstaffel, doch keineswegs alle. Ott war darüber hinaus auch kein Mitglied der NSDAP, womit er tatsächlich zu einer verschwindend kleinen Minderheit innerhalb des Polizeiapparats und vor allem innerhalb der Gestapo gehörte. Eine Zurücksetzung wegen seines fehlenden Parteibuchs erfuhr er auf seiner Dienststelle aber keineswegs. Im Gegenteil, er wurde zum stellvertretenden Referatsleiter ernannt und hatte als Hauptsachbearbeiter einen großen Handlungsspielraum.

Im Juli 1945 wurde Ott interniert. Obgleich er drei Jahre später in seinem Spruchkammerverfahren von zahlreichen Zeugen schwer belastet wurde, stuften ihn die Laienrichter lediglich als Minderbelasteten ein. Nach der damit verbundenen Bewährung galt er als Mitläufer.

Das Landgericht Stuttgart klagte Ott 1952 zusammen mit seinen ehemaligen Kollegen von der Gestapo Kurt Johner, Eugen Krause, Alfred Amthor, Hermann Mozer und Walter Becker wegen „Beihilfe zur erschwerten Freiheitsberaubung“, also ihrer Mitarbeit an den Deportationen der Juden aus Württemberg und Hohenzollern, an. Das Gericht folgte der Argumentation der Angeklagten, die sich auf einen Befehlsnotstand beriefen, und sprach sie frei. Der Richter hielt den Angeklagten außerdem zu Gute, dass sie keine Kenntnis von der Vernichtungsabsicht der befehlsgebenden Stellen gegenüber den Juden gehabt hätten. Eine sehr problematische Annahme angesichts der auch vom Gericht festgestellten Tatsache, dass die Mitarbeiter des „Judenreferats" die Transporte auch persönlich begleitet und spätestens am Ziel der Deportation natürlich festgestellt haben mussten, dass es sich keineswegs um eine „Umsiedlung" gehandelt hatte.

Im März 1964 erreichte ein Brief aus New York die „Zentrale Stelle der Landesjustizverwaltungen zur Aufklärung nationalsozialistischer Verbrechen" in Ludwigsburg. Albert Bach, der in den 1930er Jahren aus Deutschland ausgewandert war, erkundigte sich bei den Staatsanwälten, ob es wahr sei, was er gehört habe. Eugen Ott, mitverantwortlich für den Tod seiner Familie und Verwandten, lebe unbehelligt mitten in Stuttgart. Die Zentrale Stelle musste ihm dies bestätigen und darüber hinaus mitteilen, dass ein Verfahren gegen Ott unzulässig sei. Er sei von der Anklage im Zusammenhang mit den  Deportationen von einem deutschen Gericht rechtskräftig freigesprochen worden und könne daher nicht erneut wegen dieser Vorwürfe angeklagt werden.